Tri najbežnejšie typy prenosových membrán používaných na detekciu prenosu proteínov a nukleových kyselín sú nitrocelulózové membrány, polyvinylidénfluoridové (PVDF) membrány a nylonové membrány. Nitrocelulózové membrány sú bežne používanou matricou pri prenose proteínov vďaka ich vysokej väzbovej afinite k proteínom a kompatibilite s rôznymi detekčnými metódami. Schopnosť nitrocelulózových membrán viazať proteíny je 80-100 ug/cm² a k imobilizácii proteínov dochádza hlavne prostredníctvom hydrofóbnych interakcií. Nitrocelulózové membrány sú krehké a krehké, čo obmedzuje ich použitie na odlepovanie a opätovné označovanie.
Polyvinylidénfluoridové (PVDF) membrány majú vysokú väzbovú afinitu k proteínom aj nukleovým kyselinám. Membrány PVDF sú vysoko hydrofóbne a pred ponorením do prenosového pufra musia byť pred-navlhčené metanolom alebo etanolom. Väzbová kapacita PVDF membrán na proteíny je 170-200 µg/cm². V porovnaní s nitrocelulózou sú PVDF membrány menej krehké a krehké, majú lepšiu mechanickú pevnosť a chemickú stabilitu a sú vhodné pre experimenty Western blotting vyžadujúce kroky oddeblovania a opätovného označovania. Vďaka svojej hydrofóbnosti sú PVDF membrány preferovanou voľbou pre hydrofóbne proteíny.
Nylonové membrány viažu proteíny a nukleové kyseliny prostredníctvom iónových, elektrostatických a hydrofóbnych interakcií. Proteínová väzbová kapacita nylonových membrán môže dosiahnuť 480 µg/cm². Nylonové membrány vykazujú vysokú trvanlivosť a ponúkajú výhody v experimentoch Western blotting vyžadujúcich postupy oddeľovania a opätovného označovania. Významnou nevýhodou používania nylonových membrán na blotovanie je možnosť nešpecifickej väzby s aniónmi.